Poslovodni organ Miklavževega zavoda Murska Sobota je direktor. Organizira in vodi delo in poslovanje zavoda, ga predstavlja in zastopa ter je odgovoren za zakonitost njegovega dela in poslovanja.
Direktor ima naslednje pristojnosti:
- organizira, načrtuje in vodi delo zavoda,
- pripravlja program razvoja zavoda,
- zagotavlja izvrševanje odločb državnih organov,
- določa in sprejme notranjo organizacijo in sistematizacijo delovnih mest v soglasju z ustanoviteljem,
- sprejme kadrovski načrt in odloča o sklepanju delovnih razmerij v soglasju z ustanoviteljem,
- odloča o disciplinski odgovornosti delavcev,
- pripravlja poslovni in finančni načrt v soglasju z ustanoviteljem,
- odloča o napredovanju delavcev v plačne razrede,
- sprejema vse splošne akte zavoda in druge akte, ki urejajo pomembna vprašanja v zvezi z delovanjem zavoda, v soglasju z ustanoviteljem,
- sprejme načrt nabav osnovnih sredstev in investicijskega vzdrževanja v soglasju z ustanoviteljem,
- ocenjuje delo strokovnih vodij organizacijskih enot,
- poroča ustanovitelju in Svetu zavoda o zadevah, ki lahko pomembno vplivajo na delovanje zavoda,
- opravlja druge naloge, določene z zakonom, Aktom o ustanovitvi in Statutom zavoda.
Direktor je dolžan o svojih ugotovitvah obveščati ustanovitelja in Svet zavoda ter sprejemati ukrepe za odpravo pomanjkljivosti.